Geneza pieszych pielgrzymek z Torunia na Jasną Górę ściśle łączy się z Warszawską Pielgrzymką Pieszą. Wierni z całej Polski, chcąc pieszo wędrować do Częstochowy, musieli wyruszać z Warszawy, bowiem ówczesne władze nie zgadzały się na tworzenie nowych pielgrzymek. Pod względem duszpasterskim prowadzenie ogromnych grup pielgrzymkowych było bardzo trudne, dlatego rodziły się pragnienia, by na wzór pielgrzymki warszawskiej również z innych stron kraju wędrowali pątnicy. Dodatkowym bodźcem był wybór kard. Karola Wojtyły na papieża. Ojciec Święty bardzo prosił wszystkich Polaków o modlitwę w jego intencji. W odpowiedzi na prośby płynące z wielu środowisk ówczesny Biskup Chełmiński Bernard Czapliński w roku 1979 wyraził zgodę na organizację Pomorskiej Pieszej Pielgrzymki z Torunia na Jasną Górę. Jej twórcą i pierwszym kierownikiem został ks. Stanisław Kardasz – proboszcz parafii Matki Bożej Zwycięskiej w Toruniu.
Mimo wielu prób zastraszenia, braku zgody ze strony władz, pielgrzymka wyruszyła 5 sierpnia 1979 r. Wzięło w niej udział ok. 1500 pielgrzymów w trzech grupach: żółtej – toruńskiej, niebieskiej – gdyńskiej i zielonej – chojnickiej. Z pielgrzymami wyruszyło 37 księży. Obawiano się, że milicja zablokuje most na Wiśle, dlatego jako pierwszy szedł ks. bp Bernard Czapliński. Pielgrzymi, poprowadzeni przez ks. Stanisława Kardasza, mimo wielu szykan i trudności dotarli szczęśliwie na Jasną Górę 13 sierpnia 1979 r. W następnym roku szło w pielgrzymce już ok. 4500 pielgrzymów, wśród nich biskup pomocniczy diecezji koszalińsko – kołobrzeskiej Tadeusz Werno, który swój udział w pielgrzymce powtórzył jeszcze w roku 1981. Od samego początku ludność miast i wiosek położonych na trasie pielgrzymki bardzo gościnnie przyjmowała pielgrzymów, mimo ogromnej wysiłku Służby Bezpieczeństwa, która za wszelką cenę próbowała skompromitować pielgrzymów. Ks. prał. Stanisław Kardasz wspomina: „Pracownicy Służby Bezpieczeństwa byli oddelegowani do udziału w pielgrzymce. Nie tylko nagrywali oni kazania, ale również realizowali swoje prowokacje. Np. próbowali dezorganizować łączność, transport, zaopatrzenie. Uszkadzali samochody, kradli lub niszczyli tuby nagłaśniające, namioty, zanieczyszczali żywność i miejsca postojów. Podrzucali materiały pornograficzne, środki antykoncepcyjne i opakowania po narkotykach. Ubrani w strój pielgrzymi, ze wszystkimi znaczkami uczestników pielgrzymki, pili alkohol w barach, by wśród miejscowej ludności zepsuć opinię pielgrzymom”. Mimo tych wszystkich przeszkód w kolejnych latach liczba pielgrzymów wzrastała. Do pielgrzymów z Torunia włączyli się wierni z diecezji: szczecińskiej, koszalińsko – kołobrzeskiej, gdańskiej i warmińskiej. W IV PPP uczestniczyło 10 tys. pątników. Zachodziła więc konieczność utworzenia nowych pielgrzymek, które na Jasną Górę podążają własną trasą. W roku 1983 powstały: Pielgrzymka Gdańska i Pielgrzymka Koszalińsko – Kołobrzeska, w roku 1984 Pielgrzymka Warmińska, a w roku 1985 Pielgrzymka Szczecińska.
Stopniowo także poszczególne grupy pielgrzymkowe zamiast dojeżdżać do Torunia środkami komunikacji, przybywały pieszo. Tak powstała m. in. Pielgrzymka Kaszubska, która w 1982 r. wyruszyła ze Swarzewa pod hasłem „600 km za 600 – lecie”. Wchodząc do Torunia ta pielgrzymka miała już za sobą 300 km marszu.
W roku 1984 grupa „Ziemia Lubawska” wyruszyła osobną trasą, łącząc się z pielgrzymką z Torunia w Szczercowie. Dzisiaj idzie już jako osobna pielgrzymka w trzech grupach: Lubawa-Nowe Miasto Lubawskie, Brodnica i Dzaiłdowo.
Nowy podział administracyjny Kościoła w Polsce spowodował także reorganizację pielgrzymki. Grupy: Kaszubska i Gdyńska przeszły do Pielgrzymki Gdańskiej, grupa z Fordonu – do Pielgrzymki Gnieźnieńskiej. Utworzono także Pielgrzymkę Pelplińską, która od Torunia idzie wspólnie z Pielgrzymką Toruńską.
Dzisiaj pielgrzymi z Torunia na Jasną Górę idą w grupach: grudziądzkiej, wąbrzesko-jabłonowskiej, oraz w trzech grupach toruńskich. Osobną grupę stanowią niepełnosprawni z opiekunami, którym patronuje św. Albert Chmielowski oraz grupa franciszkańska.
W roku 2002 z okazji 10 – lecia Diecezji Toruńskiej Msza św. na rozpoczęcie pielgrzymki została odprawiona w Katedrze Świętych Janów w Toruniu i przewodniczył jej jak co roku Biskup Toruński Andrzej Suski. Wśród pielgrzymów w 2002 r. był także Biskup Pomocniczy Diecezji Toruńskiej Józef Szamocki, który każdego dnia towarzyszył innej grupie pielgrzymów, głosząc konferencje i pełniąc posługę kapłana – pielgrzyma. Od tamtego momentu ks. bp Józef Szamocki stara się każdego roku przemierzać z pielgrzymami z Torunia całą trasę.
Organizatorem pieszej pielgrzymki i jej kierownikiem do roku 1993 był ks. prał. Stanisław Kardasz – proboszcz ówczesny parafii pw. Matki Bożej Zwycięskiej w Toruniu. W tym czasie przez cztery lata na skutek nacisków ówczesnych władz musiał zawiesić prowadzenie pielgrzymki i zastępował go ks. prał. Józef Nowakowski – w tamtym czasie proboszcz parafii pw. Wniebowzięcia NMP w Toruniu. W latach 1994 – 2000 kolejnym kierownikiem był ks. Władysław Erdmański – proboszcz parafii w Gostkowie. Od 2001 do 2013 roku pielgrzymkę prowadził ks. Wojciech Miszewski proboszcz parafii św. Antoniego na toruńskich Wrzosach. W latach 2014 – 2017 jego miejsce zajął ks. Łukasz Skarżyński, proboszcz nowopowstałej parafii św. Andrzeja Apostoła w Toruniu. Dnia 28 marca 2018 roku ks. bp Wiesław Śmigiel zlecił ponownie ks. Wojciechowi Miszewskiemu kierowanie pielgrzymką pieszą Diecezji Toruńskiej.
Od 1979 pielgrzymom towarzyszyła główna intencja „Niesiemy pomoc Ojcu Świętemu”. Oprócz niej pielgrzymi modlą się w intencjach diecezji oraz w intencji aktualnych spraw w Kościele i świecie, m. in. prosząc o nowe i dobre powołania do kapłaństwa i zakonów. Niezmiennie pątnikom towarzyszy duch modlitwy i pokuty oraz serdeczność napotykanych na trasie ludzi.
W roku 2010 pielgrzymka wraca do tradycji 9 dniowego marszu i wkracza na Jasną Górę 12 sierpnia.
